迎合校園規劃的新趨勢，配合九年一貫課程的實施，本校校園空間規劃新思維核心理念：
- 發現、成長-發現學生潛能，建立自信，師生共同成長。
- 傳承、創新-傳承鄉土經驗，鼓勵創新，接軌都市脈動。
- 分享、永續-鼓勵社區互動，學習分享，推動永續校園。
清溝國小新校的規劃為形塑文化藝術的環境、人性化的生活空間、建構教學中心的學校。校園將成為每一個人都可以學習的場所，是社區文化中心，是學校與社區資源能夠共享的新校園。
本校於九十三年確定學校預定地位置，並積極完成後續都市計畫個案變更、經費籌措事宜；94年由縣政府評選張仲堅建築師事務所為校園新建工程規劃設計；95年8月1日第一期土地徵收並完成登記，同時設校籌備處正式成立。張仲堅建築師有豐富的校園規劃實務經驗，因為在地，所以用心。張仲堅建築師從使用者的觀點考量，以迎合師生的感覺及滿足生活、學習需求來規劃，空間的營造與自然的光線是讓孩子快樂學習的重要元素，學校建築不僅是一個傳授知識的場所，而且是具有陶冶身心、涵融性情的文化環境。學校工程緊纙密鼓的投入，測量、鑽探、基本設計、細部設計、填土工程、樹木移植等工作，96年4月30日建築本體及結構決標發包完成，於96年5月28日開工，學校正式進入興建階段。97年8月第一期校舍完工。
一期校舍包括語言教室、資訊圖書室、自然教室、美勞(手作教室)、音樂教室、行政辦公室、健康中心、教具室等整體性規劃，學習空間豐富，各專科教室也將備有新式充足的教具，讓學生做中學，從實際的操作中去獲取經驗，並培養團隊合作的能力。因應現代教學以「教學團隊」共同來規劃課程、設計教學及實施活動，「綜合教室」的規劃，讓師生能進行合作學習。教室的學習空間規劃有資訊圖書角、清潔角、展示角等不同的學習角落，而單槍、螢幕、電腦的配置，使得教師能以資訊科技來引起學生的學習興趣，豐富教學的內容。清潔角水槽、飲水機、清潔用具、個人置物櫃等像家庭式的用具，讓孩子體會教育最重要的是與生活聯結,經由實際生活體驗來進行學習。